Rancangan ini dibantah keras oleh Presiden Indonesia; Presiden
Soekarno. Beliau berpendapat bahawa Malaysia adalah sebuah rekaan British, dan penubuhan Malaysia hanya akan memberikan pihak British menguatkan lagi kuasa jajahannya di kepulauan Borneo ini, sehingga memberi ancaman besar terhadap kemerdekaan Indonesia.
Filipina juga membuat dakwaan atas Sabah, dengan alasan negeri itu mempunyai hubungan sejarah dengan Filipina melalui
Kesultanan Sulu.
Di Brunei, Pemberontak Kalimantan Utara (TNKU) memberontak pada
8 Disember 1962. Mereka melakukan cubaan menculik
Sultan Brunei, dan merampas ladang minyak dan menjadikan orang Eropah sebagai tebusan. Sultan Brunei berjaya melepaskan diri dan baginda meminta pertolongan dari British. Baginda mendapat bantuan ketenteraan British, Persekutuan Malaysia dan
Gurkha dari Singapura. Pada
16 Disember, Komander Timur Jauh Inggeris (British Far Eastern Command) menyeru bahawa seluruh pemberontakan utama telah berjaya dipatahkan, dan pada
17 April 1963, pemimpin pemberontak ditangkap dan pemberontakan tersebut berakhir.
Filipina dan Indonesia secara rasminya bersetuju untuk menerima pembentukan Malaysia apabila majoriti di daerah yang menghadapai konflik membuat pilihan dalam sebuah
memorandum yang diorganisasikan oleh
PBB. Soekarno pada mulanya mengambil pendirian menyokong penubuhan Malaysia, Menteri luar Indonesia iaitu Dr. Subandrio pernah mengucapkan selamat kepada usaha Persekutuan Tanah Melayu menubuhkan Malaysia. Namun sikap kerajaan Indonesia telah bertukar dan berusaha menentang keras penubuhan Negera Malaysia daripada menjadi sebuah negara yang bebas. Sukarno ternyata mempunyai ego yang kuat sehingga sanggup menghina dan mengutuk Malaysia secara terus menerus dalam Sidang Kemuncak yang diadakan di Manila. Selain daripada kritikan yang keras, beliau juga bertindak memutuskan hubungan politik, ekonomi dan sosial dengan Persekutuan Tanah Melayu.
“
Semenjak demonstrasi anti-Indonesia di Kuala Lumpur berlaku, para penunjuk perasaan mengepung bangunan Duta Indonesia, dan bertindak mengoyakkan gambar Soekarno dan membawa lambang negara Garuda Pancasila di hadapan Perdana Menteri, Tunku Abdul Rahman dan menyuruh beliau untuk memijak lambang Garuda. Tindakan penunjuk perasaan anti-Indonesia yang melakukan perbuatan sedemikian telah menimbulkan kemarahan Soekarno ke atas Malaysia.”
Soekarno yang berang akibat tindakan itu mengutuk perbuatan Tunku yang memijak-mijak
lambang negara Indonesia dan beliau ingin membalas dendam dengan melancarkan gerakan yang terkenal dengan nama Ganyang Malaysia.
Perang
Dalam usaha Sukarno yang menentang penubuhan Negara Malaysia, beliau juga telah memulaukan Laporan Suruhanjaya Cobbold yang ditugaskan pada tahun 1962 yang bertujuan untuk meninjau pandangan rakyat
Sabah dan
Sarawak terhadap penubuhan Malaysia. Sukarno telah melancarkan kempen ‘Ganyang Malaysia’pada akhir 1963. Konfrantasi Sukarno telah berubah dari sekadar perang kata-kata menjadi konfrantasi ketenteraan, hal ini berlaku selepas Suruhanjaya khusus PBB yang dibentuk untuk mengumpul pendapat rakyat setempat tentang pembentukan Malaysia. Sukarno menjadi semakin tersinggung apabila
Tunku mengumumkan terbentuknya Malaysia sebelum Komisi PBB itu mengumumkan hasil siasatannya.
Pada
1964, gerila Indonesia mulai menyerang wilayah di Semenanjung Malaysia. Pada bulan Ogos, enam belas ejen bersenjata Indonesia ditangkap di
Johor. Aktiviti tentera Indonesia di sempadan meningkat. Sehubungan itu, kerajaan Malaysia mengerahkan
Angkatan Tentera Malaysia termasuk
Rejimen Askar Melayu Diraja dan
Rejimen Askar Wataniah bersiap sedia untuk menangani ancaman ganas Indonesia,
Tentera Laut Diraja Malaysia dikerah untuk mempertahankan perairan Malaysia. Keanggotaan pasukan tentera Malaysia hanya sedikit yang dikerah dan diletakkan dibahagian pos kawalan sempadan dan kawalan unit komando. Misi utama mereka adalah untuk mencegah pencerobohan gerila Indonesia ke Malaysia. Selain pasukan tentera, kerajaan Persekutuan Malaysia turut menghantar sepasukan polis dari pelbagai cawangan untuk membantu pasukan tentera mempertahankan tanahair. Cawangan Tugas Am,
Sukarelawan Polis dan
Polis Bantuan ditugaskan untuk mengawal dan membuat rondaan dikampung-kampung dan dikawasan bandar. Sekatan jalanraya dengan pihak tentera dijalankan dengan ketat dan pemeriksaan ke atas orang awam turut dijalankan bagi memastikan tiadanya ejen Indonesia yang menyusup masuk ke dalam bandar dan kampung-kampung dengan menyamar sebagai orang awam. Cawangan Khas ditugaskan untuk membantu
Kor Risik Diraja melakukan tugas risikan terhadap kegiatan dan aktiviti subversif yang dilakukan oleh tentera Indonesia, manakala
Pasukan Polis Marin membantu
Tentera Laut Diraja Malaysia melakukan tugas rondaan diperairan negara serta
Pasukan Polis Hutan diaturgerakkan bersama tentera darat memburu gerila Indonesia yang menyusup masuk ke dalam hutan. Pada
16 Ogos, sepasukan
Rejimen Askar Melayu Diraja berhadapan dengan lima puluh orang gerila Indonesia.
Meskipun Filipina tidak turut serta dalam kempen tersebut, namun mereka memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia.
Persekutuan Malaysia ditubuhkan secara rasmi pada
16 September 1963. Brunei menolak gabungan dengan
Malaysia dan Singapura keluar di kemudian hari.
Ketegangan berlaku di kedua belah pihak di Selat Melaka. Dua hari kemudian para perusuh membakar kedutaan Britain di
Jakarta. Beratus-ratus perusuh menyerbu kedutaan Singapura di Jakarta dan juga rumah diplomat Singapura. Di Malaysia, ejen Indonesia ditangkap dan wartawan media massa menyerang kedutaan Indonesia di
Kuala Lumpur.
Di sempadan Kalimantan, telah berlakunya pertempuran dikawasan sempadan; gerila Indonesia dan pasukan separa tenteranya cuba menceroboh Sarawak dan Sabah, tetapi gagal. Sebahagian besar pihak yang terlibat konflik bersenjata dengan Indonesia adalah askar Britain dan Australia, terutama sekali pasukan khas mereka iaitu
Special Air Service(SAS). Dianggarkan, seramai 2000 komando Indonesia (Kopassus) dan 200 anggota SAS British, Australia dan New Zealand terbunuh setelah bertempur di hutan Kalimantan dengan Truper James Condon dari anggota 22 SAS British menjadi korban pertama dalam pertempuran tersebut.
Pada 17 Ogos, pasukan payung terjun mendarat di pantai barat daya Johor dan cuba membentuk pasukan gerila. Pada
2 September 1964, pasukan payung terjun mendarat di
Labis, Johor. Pada
29 Oktober, 52 anggota tentera mendarat Indonesia di
Pontian di sempadan Johor-Melaka, tetapi ditangkap oleh pasukan
Rejimen Askar Melayu Diraja dan
New Zealand, manakala yang selebihnya berjaya ditahan oleh
Pasukan Polis Hutan di Batu 20,
Muar,
Johor.
Konfrantasi Indonesia terhadap Malaysia menjadi semakin tegang apabila Malaysia terpilih sebagai anggota tidak tetap
PBB pada bulan Disember 1964. Sebagai protes kepada penyertaan Malaysia menjadi anggota PBB, Indonesia telah menarik diri daripada keanggotaan PBB pada Januari 1965.
Sebagai tandingan Olimpik, Soekarno turut menyelenggarakan
GANEFO (Games of the New Emerging Forces) yang diselenggarakan di
Senayan,
Jakarta pada
10-
22 November 1963. Pesta olahraga ini disertai oleh 2,250 atlet dari 48 negara di Asia, Afrika, Eropah dan Amerika Selatan, serta didatangi oleh 500 orang wartawan asing.
Pada Januari
1965,
Australia bersetuju untuk menghantar pasukan tenteranya ke Kalimantan setelah mendapat permintaan dari Malaysia. Tentera Australia menghantar 3
Rejimen Diraja Australia dan Rejimen
Australian Special Air Service. Dianggarkan seramai empat belas ribu pasukan tentera British dan Komanwel di Australia pada ketika itu. Secara rasminya, tentera British dan Australia tidak dapat lakukan serangan melalui sempadan Indonesia. Tetapi, unit seperti
Special Air Service, baik British mahupun Australia, menyusup masuk secara rahsia (lihat
Operasi Claret). Australia melakukan penyusupan ini pada
1966.
Pada pertengahan 1965, Indonesia mula menggunakan pasukan rasminya setelah kesemua pasukan komando dan sukarelawan yang melakukan penyusupan di Malaysia gagal. Pada
28 Jun, mereka menyeberangi sempadan ke timur
Pulau Sebatik berhampiran
Tawau, Sabah dan cuba melakukan serangan dan sabotaj ke atas kem
Rejimen Askar Melayu Diraja di Tawau, namun cubaan itu gagal kerana kem itu berhampiran dengan balai polis dan disedari oleh anggota-anggota polis di situ dan berjaya mematahkan cubaan itu.
Akhir konfrontasi
Menjelang akhir 1965, Jeneral
Soeharto memegang tampuk pemerintahan Indonesia setelah berlakunya rampasan kuasa. Oleh kerana konflik dalaman negara, keinginan Indonesia untuk meneruskan konfrontasi dengan Malaysia berkurangan dan peperangan telah reda.
Pada
28 Mei 1966, sebuah rundingan dilakukan di
Bangkok, Kerajaan Malaysia dan Indonesia mengumumkan perdamaian setelah Soeharto menghantar Adam Malik sebagai wakil untuk berunding dengan Tunku Abdul Rahman. Kekerasan berakhir pada bulan Jun, dan perjanjian perdamaian ditandatangani pada
11 Ogos dan dirasmikan dua hari kemudian. Penghancuran PKI dan elemen-elemen politik kiri, termasuk Soekarno telah menyebabkan perubahan mendadak dalam kestabilan politik Indonesia pada tahun 1965. Indonesia secara rasminya mengakhiri konfrantasi terhadap Malaysia pada tahun 1967.
dan sehingga ke hari ini hubungan Malaysia- Indonesia boleh diibaratkan sebagai hubungan Adik dan abang. namun biasalah seperti hubungan kekeluargaan, adik-beradik kadang-kadang berlaku perselisihan faham.
dalam hal-hal perselisihan faham ini, kebanyakannya aku melihat seperti si Abang lebih beremosi dan sering mencari gaduh dengan adik. dan sehingga ke hari ini apa saja si adik lakukan boleh mencetuskan ketidakpuasan hati si abang. sedangkan sekian banyak Rakyat si abang mencari Rezeki di Negara si adik tidak di syukuri.. malah rakyat si abang ini membuat pula onar di Negara si adik..
Onarnya termasuklah merompak, mencuri, bunuh, menculik, melarikan anak dara negara si adik ke negara si abang.